এই অভিজ্ঞতাকে অবলম্বন করে জোনায়েদ সাকির নেতৃত্বে ১৯৯৮ সালে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ে বেতন ফি বৃদ্বি বিরোধী আন্দোলন, ১৯৯৯ সালে যৌন নিপীড়ন বিরোধী আন্দোলন, মার্কিন প্রেসিডেন্ট বিল ক্লিন্টনের সফরকে কেন্দ্র করে গড়ে ওঠা সাম্রাজ্যবাদ বিরোধী আন্দোলন, জাতীয় সম্পদ রক্ষার আন্দোলন ইত্যাদি ছাত্র আন্দোলনের মধ্যে নতুন মাত্রা যুক্ত করে। পরবর্তীতে এই মডেলের আন্দোলনের সবচেয়ে সফল প্রয়োগ দেখা যায় ২০০৩ সালে শামসুন্নাহার হল আন্দোলন, রাজশাহী বিশ্ববিদ্যালয়ে বেতন ফি বৃদ্ধি প্রতিরোধের আন্দোলন, ২০০৮ সালে সামরিক শাসন বিরোধী আন্দোলন। ছাত্র সংগঠনের প্রশিক্ষিত সচেতন ছাত্র কর্মীরা স্বতস্ফূর্ত সাধারণ শিক্ষার্থীদের সাথে থেকে আন্দোলনকে দূর্বার গতিতে তার লক্ষে নিয়ে যাওয়ার অন্যন্য নজির স্থাপিত হয়।

অন্যদিকে জোনায়েদ সাকির নেতৃত্বে ছাত্র আন্দোলনের মধ্যে গুণগত রূপান্তর ঘটে। ছাত্র আন্দোলন ছাত্র স্বার্থের গন্ডীকে অতিক্রম করে আরো বড় পরিসরে এসে হাজির হয়। মাতৃ ভাষায় উচ্চশিক্ষা ও অনুবাদ সংস্থা গড়ে তোলার আন্দোলন, যৌন নিপীড়ন ও নারী প্রশ্ন, বাংলাদেশে বসবাসকারী ক্ষুদ্র জাতিস্বত্তার শিক্ষার্থীদের শিক্ষা আন্দোলনের পাশাপাশি জাতি হিসেবে তাদের স্বাধিকারের প্রশ্ন, সারা দুনিয়ার পরিবেশ ও প্রতিবেশ রক্ষার আন্দোলনকে ছাত্র আন্দোলনের এলাকায় নিয়ে আসার ক্ষেত্রে জোনায়েদ সাকির ভূমিকা অন্যন্য। জোনায়েদ সাকি ২০০০ সালে ছাত্র ফেডারেশনের ৬ষ্ঠ কেন্দ্রীয় কাউন্সিলে ছাত্র সংগঠন থেকে বিদায় নেন।

২০০০ সালে ছাত্র রাজনীতি থেকে অবসর নিয়ে ছাত্র আন্দোলন শ্রমিক আন্দোলন থেকে উঠে আসা ব্যক্তিদের নিয়ে ২০০২ সালের ২৯ আগস্ট জাতীয় মুক্তি সংগ্রামের মঞ্চ হিসেবে গড়ে তোলেন গণসংহতি আন্দোলন। সংগঠন হিসেবে গণসংহতি আন্দোলনকে বিকশিত করার পাশাপাশি তিনি নেতৃত্বমূলক ভূমিক পালন করেন তেল-গ্যাস খনিজ সম্পদ ও বিদ্যুৎ-বন্দর রক্ষা জাতীয় কমিটিতে। ২০০৬ সালের ২৬ আগস্ট দিনাজপুরের ফুলবাড়ি অভ্যুত্থানে তিনি সামনে থেকে নেতৃত্ব দেন।

রাজনৈতিক আন্দোলনের ক্ষেত্রেও তাঁর নেতৃত্বে গড়ে ওঠে ৪ বাম দল, ৫ বাম দল, গণতান্ত্রিক বাম মোর্চা এবং সর্বশেষ গণতান্ত্রিক বাম জোট।

২০১৫ সালে ঢাকা উত্তর সিটি কর্পোরেশনের নির্বাচনে মেয়র পদে ২০১৮ সালের ৩০ ডিসেম্বর জাতীয় নির্বাচনে ঢাকা-১২ আসনে অংশগ্রহণের ভেতর দিয়ে জোনায়েদ সাকি হয়ে ওঠেন ঢাকাসহ সারাদেশের পরিবর্তনকামী গণমানুষের নেতা।